Часто задаваемые вопросы.
1) Каковы преимущества красителя GelStar перед этидий бромидом? Краситель GelStar как минимум в 5-10 раз более чувствителен к окрашиванию ДНК и РНК в геле, чем этидий бромид, и позволяет определять всего 20 пг двухцепочечной ДНК или 3 нг РНК. Гели, окрашенные GelStar, имеют чёткие полосы с очень низкой фоновой флуоресценцией.
2) Каковы преимущества красителя GelStar перед SYBR зелёным I? Краситель GelStar разработан специально для агарозных гелей и может использоваться для них непосредственно перед снятием результатов или использоваться для гелей после окрашивания. В отличие от красителя SYBR зелёного I, гели, предварительно окрашенные красителем GelStar, сохраняют высокую чувствительность и разрешение, чёткое проявление полос. Более того, краситель GelStar позволяет определять как ДНК, так и РНК, в то время как краситель SYBR зелёный I подходит в основном для ДНК.
3) Как обнаружить ДНК, окрашенную красителем GelStar? Краситель GelStar можно обнаружить с помощью УФ просвечивания, лазерных сканеров или просвечивания с помощью Dark Reader.
4) Совместим ли краситель GelStar с системой проявки изображения? Проявлять гели можно с помощью Поляроида, CCD или системы лазерного сканирования. Для максимально эффективной проявки Cambrex предлагает фотофильтры (50536) для гелевого красителя GelStar, используемые с фотоаппаратами Polaroid с желатиновыми фильтрами. Для аппаратов со стеклянными фильтрами подходят ярко-жёлтые фильтры, например, Tiffen #15. В камеры CCD обычно вставлены зелёные фильтры SYBR, оптимальные для красителя GelStar. Длины волн испускания и возбуждения для красителя GelStar - 527 и 493 нм соответственно. Для выбора фильтра, который лучше использовать с красителем GelStar, обратитесь к производителю Вашего оборудования.
5) Как утилизировать краситель GelStar? GelStar связывается с нуклеиновыми кислотами, и поэтому к нему следует относиться как к потенциальному мутагену. Следуйте Вашим инструкциям по утилизации опасного материала. Раствор красителя обычно выливают в активированный уголь, который удерживает краситель. Буферный раствор остаётся безопасным, а угольный фильтр следует сжигать.
Правильный выбор агарозы для разделения малых фрагментов.
При большом выборе агарозы, которую мы предлагаем, нам часто задают вопрос: "Какая агароза подходит для моих задач или размеров фрагментов?" Мы предлагаем много возможностей для ответа на этот вопрос: Руководство по выбору агарозы в нашем каталоге, Брошюра по электрофорезу в агарозном геле, Настольная книга по гель-электрофорезу, веб-сайт Cambrex, отдел продаж и специалисты технической службы. Мы часто получаем запросы по выбору агарозы для разделения малых фрагментов. В этой статье разбираются три продукта, рекомендованных для разделения ДНК длиной менее 1 кБ: NuSieve 3:1, MetaPhor и агароза NuSieve GTG.
Агароза SeaKem LE, рекомендуемая для рутинного анализа нуклеиновых кислот, также подходит для разделения малых фрагментов. Можно ожидать удовлетворительного разделения малых фрагментов, но агароза SeaKem LE обладает широким спектром разделения (от 500 н. п. до 23 кБ), и может не позволять различать полосы ДНК малых размеров.
Агароза NuSieve 3:1 для ПЦР-анализа.
Уже в 1990 г., когда мы разработали в своих лабораториях агарозу NuSieve 3:1, её рассматривали как специальную агарозу для ПЦР-анализа. При стандартной температуре плавления агарозы ( 90 C) агароза NuSieve 3:1 формирует простой в обращении гель, что делает её идеальной как для блота, так и для проверки выхода и/или чистоты ПЦР-продуктов. Она обеспечивает прекрасное разрешение для фрагментов от 50 н. п. до 1 кБ. Как и остальные продукты, упоминаемые в этой статье, агароза NuSieve 3:1 не обладает заметной РНКазной или ДНКазной активностью. К тому же в многочисленных публикациях агароза NuSieve 3:1 упоминается как агароза для ПЦР-анализа.
NuSieve 3:1
Конечная концентрация агарозы, % (вес/объём)
Спектр размеров (н. п.)
1 TAE буфер
1 TBE буфер
500-1.000
3.0
2.0
100-500
4.0
3.0
10-100
6.0
5.0
Агароза для совершенного разделения MetaPhor.
Агароза MetaPhor обладает наиболее высоким разрешением из всех доступных, её разрешение вдвое больше, чем у стандартной агарозы, и приближается к полиакриламиду. Агароза MetaPhor позволяет разделять фрагменты, отличающиеся по размеру только на 2% (к примеру, 200 н. п. и 204 н. п.). Существуют альтернативные методики, способные сократить эту разницу до 1%. Агароза MetaPhor рекомендуется для разделения очень маленьких фрагментов, от 20 до 800 н. п. Она оптимальна для множественного анализа ПЦР, STR или AMPFLP и позволяет выполнять эти анализы, не создавая опасностей, характерных для полиакриламида.
Агароза для восстановления NuSieve GTG.
Агароза NuSieve GTG - агароза класса для генных технологий (GTG), качество которой проверяли относительно устойчивых стандартов, чтобы удостовериться в её оптимальных свойствах. Низкая температура плавления агарозы ( 65 C) обеспечивает отличное разрешение для малых фрагментов, её свойства проверены в наших лабораториях на надёжность подготовки и сшивания фрагментов нуклеиновых кислот. Агароза NuSieve GTG идеальна для восстановления малых фрагментов. Помимо стандартных методик восстановления, эта агароза подходит также для реакций внутри геля, что экономит время и позволяет избежать возможных потерь при восстановлении.