ПЦР-словарик

Ампликон (Амплификат): ПЦР-продукт, наработанный в процессе реакции

Амплификатор: Прибор, предназначенный для проведения ПЦР.

Бэнд: Полоска ампликона на электрофореграмме.

Зона насыщения: Предельное количество циклов (n), при котором на электрофорезе хорошо виден ампликон. Превышение "n" приводит к появлению шмера и неспецифике

Неспецифика: Образование ампликонов, размер которых не соответствует теоретически расчитанному размеру. Причём, их может быть много (до 5-10 штук), они могут иметь чётко очерченные края, но могут быть и туманными.

Полимераза

Taq-полимераза - обычно используется для проведения ПЦР. Позволяет получать фрагменты до 5 т.п.н. Не обладает "проверочной" активностью, т.е. работает быстро, и может допускать включение в цепь ошибочных нуклеотид трифосфатов. Отлично подходит для рутинных анализов.

ColoredTaq-полимераза - таже Taq-полимераза, но с некой добавкой, которая позволяет наносить ПЦР-продукт в лунку агарозы без добавки красителя, что облегчает анализ, особенно при большом количестве образцов

Tht-полимераза - обычно применяют для постановки реакции обратной транскрипции (РОТ) с последующей ПЦР, когда размер фрагмента в РОТ не превышает 800 п.н.

Hi-Fi-олимераза - улучшенный вариант Taq-полимеразы, читает более точно и даёт выход ПЦР-продукта более высокий, чем Taq-полимераза в тех же случаях

LR-полимераза - фермент для "длинного" чтения (более 5 тыс. п.н.). Требует соблюдения особых условий при постановке ПЦР

Pfu-полимераза - идеальный фермент для точного чтения коротких фрагментов (менее 2 тыс. п.н.)для последующего клонирования, экспрессии, секвенирования (Источник: www.sileks.ru)

Праймеры: Короткие последовательности нуклеотидов (чаще 20-25) комплементарные концевым участкам изучаемомого гена.

Шмер: Размазанная туманная полоска ДНК, идущая от старта до финиша, на фоне которой очень трудно увидеть интересующую нас полоску

1-я дорожка отлично, дорожки 3, 5, 7 - смерш.

Hot start: Хот старт - это когда ставите ПЦР реакцию прямо на 96C, то есть ждете, когда нагреетса блок, а потом добавляете полимеразу и ждете, когда блок нагреется до 96C, и сразу со льда переносите реакцию на денатурацию. Это помогает избежать неспецифики, пока нагреваетса блок от комнатнои температуры. За это время успевают сформироватьса всякие нежелательные комбинации (димеры праимеров, неспецифический отжиг праимеров), которые потом (в дальнеиших циклах ПЦР) будут амплифицироваться в огромных количествах. Хот старт имеет смысл делать при наработке больших фрагментов ДНК, например, с генома. (Источник: Форум-www.molbiol.ru)